Los organismos modelo siempre fueron una importante práctica científica (Love 2009; Meunier 2012). Solo mencionemos la ''Drosophila melanogaster'', la mosca del vinagre o de la fruta que fue el pilar en el desarrollo de la genética de poblaciones, y cuya importancia se mantiene hoy en evo-devo (Baguñà y Fernandez 2003; Carroll 2008; Nunes et al. 2013). Uno de los movimientos cruciales de Beadle y Tatum (1940), en el curso de sus experimentos conectando la genética con la bioquímica, fue el cambio desde la ''Drosophila'' hacia un organismo modelo más apropiado, el hongo ''Neurospora''; la construcción y explotación de un organismo modelo nuevo se convertiría en un tema recurrente en el desarrollo de la biología molecular. El término ''organismo modelo'', sin embargo, fue introducido sólo a fines de los años 90 y está siendo cada vez más usado. Las listas oficiales de organismos modelos incluyen especies como el ratón, el pez cebra, la mosca de la fruta, el gusano nematodo, el berro. Los ratones y otros animales son extremadamente importantes en la investigación biomédica debido a las posibles extrapolaciones al ''Homo sapiens'' en algunas condiciones (Potrowska 2012). En la filosofía de la biología, hubo interés por comprender qué son los ''organismos modelos'', y en demarcarlos respecto a un conjunto más grande de organismos experimentales. Uno de los aspectos más importantes es el nuevo tipo de comunidades científicas estructuradas que mantienen un organismo modelo estable en el espacio y el tiempo (Ankeny y Leonelli 2011). La comunidad de investigación de un organismo modelo realiza una investigación intensiva con un “fuerte ethos de compartir materiales, técnicas y datos” (317). Aunque inicialmente el organismo puede ser elegido por ventajas experimentales (por ejemplo, ser fácil de reproducir), el establecimiento acumulativo de técnicas, prácticas y los resultados -por ejemplo, a través de bases de datos y centros de almacenamiento- conduce a la estandarización auto-reforzante, comparabilidad y estabilidad: “...cuanto más se estudia el sistema modelo, y mayor es el número de perspectivas desde las cuales se lo comprende, más se erige como sistema modelo” (Creager et al. 2007, 6). De igual manera, Ankeny y Leonelly definen los organismos modelo como “especies no-humanas que son extensivamente estudiadas para entender un rango de fenómenos biológicos, con la esperanza de que los datos y las teorías que se generen a través de ese modelo serán aplicables a otros organismos, particularmente a aquellos que son de alguna manera más complejos que el modelo original” (313). La importancia de los organismos mostrada por este tipo de investigaciones se deriva de la base de conocimiento estrechamente interconectada y epistemológicamente ''local'', justificada por las posibles generalizaciones que pueden surgir a partir de este trabajo con el tiempo.

La relevancia explicativa del organismo como contexto para sus células y partes es innegable en la investigación del cáncer (Bertolaso 2016). Por mucho tiempo, las culturas ''in vitro'' continuaron siendo un sistema experimental privilegiado, en cierta medida favorecido por la imposibilididad de estudiar largamente las células individuales y por las dificultades para tratar con el organismo entero. Posteriormente, se acumuló evidencia de que las líneas celulares, establecidas ''in vitro'', no ofrecen un modelo experimental adecuado, ya que reducen la complejidad de los fenómenos observados ''in vivo''. La equivalencia entre los resultados del cultivo celular y los obtenidos en los animales en crecimiento resultó en gran medida incorrecta. Por el contrario, la ''dependencia contextual'' del fenotipo de las células tumorales forzó una consideración de la relevancia de algunas dinámicas establecidas que asumen el control del comportamiento de las células tumorales. Se hizo evidente que la reconstrucción del contexto funcional del microambiente del tejido constituye una condición clave para el estudio de cualquier especificidad causal. Progresivamente, los factores contextuales -que incluyen interacciones a largo alcance y factores topológicos- fueron reconocidos en su función de estabilizar las propiedades estructurales y funcionales de las partes moleculares. Por el contrario, la destrucción de gradientes morfogenéticos fue suficiente para proporcionar el fenotipo celular aberrante en muchos casos. La posibilidad de que la célula se libere del control basado en el gradiente es independiente de la presencia (o ausencia) de mutaciones genéticas durante el proceso neoplásico inicial. La arquitectura de un tejido normal es un sistema de organización tridimensional que, como los campos morfogenéticos, lleva información posicional e histórica. Es importante destacar que, a medida que se forman tejidos y órganos, cambian tanto los patrones de asociación como los tipos de células.