Los organismos modelo siempre fueron una importante práctica científica (Love 2009; Meunier 2012). Solo mencionemos la ''Drosophila melanogaster'', la mosca del vinagre o de la fruta que fue el pilar en el desarrollo de la genética de poblaciones, y cuya importancia se mantiene hoy en evo-devo (Baguñà y Fernandez 2003; Carroll 2008; Nunes et al. 2013). Uno de los movimientos cruciales de Beadle y Tatum (1940), en el curso de sus experimentos conectando la genética con la bioquímica, fue el cambio desde la ''Drosophila'' hacia un organismo modelo más apropiado, el hongo ''Neurospora''; la construcción y explotación de un organismo modelo nuevo se convertiría en un tema recurrente en el desarrollo de la biología molecular. El término ''organismo modelo'', sin embargo, fue introducido sólo a fines de los años 90 y está siendo cada vez más usado. Las listas oficiales de organismos modelos incluyen especies como el ratón, el pez cebra, la mosca de la fruta, el gusano nematodo, el berro. Los ratones y otros animales son extremadamente importantes en la investigación biomédica debido a las posibles extrapolaciones al ''Homo sapiens'' en algunas condiciones (Potrowska 2012). En la filosofía de la biología, hubo interés por comprender qué son los ''organismos modelos'', y en demarcarlos respecto a un conjunto más grande de organismos experimentales. Uno de los aspectos más importantes es el nuevo tipo de comunidades científicas estructuradas que mantienen un organismo modelo estable en el espacio y el tiempo (Ankeny y Leonelli 2011). La comunidad de investigación de un organismo modelo realiza una investigación intensiva con un “fuerte ethos de compartir materiales, técnicas y datos” (317). Aunque inicialmente el organismo puede ser elegido por ventajas experimentales (por ejemplo, ser fácil de reproducir), el establecimiento acumulativo de técnicas, prácticas y los resultados -por ejemplo, a través de bases de datos y centros de almacenamiento- conduce a la estandarización auto-reforzante, comparabilidad y estabilidad: “...cuanto más se estudia el sistema modelo, y mayor es el número de perspectivas desde las cuales se lo comprende, más se erige como sistema modelo” (Creager et al. 2007, 6). De igual manera, Ankeny y Leonelly definen los organismos modelo como “especies no-humanas que son extensivamente estudiadas para entender un rango de fenómenos biológicos, con la esperanza de que los datos y las teorías que se generen a través de ese modelo serán aplicables a otros organismos, particularmente a aquellos que son de alguna manera más complejos que el modelo original” (313). La importancia de los organismos mostrada por este tipo de investigaciones se deriva de la base de conocimiento estrechamente interconectada y epistemológicamente ''local'', justificada por las posibles generalizaciones que pueden surgir a partir de este trabajo con el tiempo.

La relevancia explicativa del organismo como contexto para sus células y partes es innegable en la investigación del cáncer (Bertolaso 2016). Por mucho tiempo, las culturas ''in vitro'' continuaron siendo un sistema experimental privilegiado, en cierta medida favorecido por la imposibilididad de estudiar largamente las células individuales y por las dificultades para tratar con el organismo entero. Posteriormente, se acumuló evidencia de que las líneas celulares, establecidas ''in vitro'', no ofrecen un modelo experimental adecuado, ya que reducen la complejidad de los fenómenos observados ''in vivo''. La equivalencia entre los resultados del cultivo celular y los obtenidos en los animales en crecimiento resultó en gran medida incorrecta. Por el contrario, la ''dependencia contextual'' del fenotipo de las células tumorales forzó una consideración de la relevancia de algunas dinámicas establecidas que asumen el control del comportamiento de las células tumorales. Se hizo evidente que la reconstrucción del contexto funcional del microambiente del tejido constituye una condición clave para el estudio de cualquier especificidad causal. Progresivamente, los factores contextuales -que incluyen interacciones a largo alcance y factores topológicos- fueron reconocidos en su función de estabilizar las propiedades estructurales y funcionales de las partes moleculares. Por el contrario, la destrucción de gradientes morfogenéticos fue suficiente para proporcionar el fenotipo celular aberrante en muchos casos. La posibilidad de que la célula se libere del control basado en el gradiente es independiente de la presencia (o ausencia) de mutaciones genéticas durante el proceso neoplásico inicial. La arquitectura de un tejido normal es un sistema de organización tridimensional que, como los campos morfogenéticos, lleva información posicional e histórica. Es importante destacar que, a medida que se forman tejidos y órganos, cambian tanto los patrones de asociación como los tipos de células.

De acuerdo a “la ontología del proceso” (Dupré 2012), las entidades familiares que nuestras teorías científicas describen y cuantifican no son más que procesos particularmente estables, cuya persistencia temporal (y nuestra capacidad subsecuente de rastrearlas) consiste en su repetido comportamiento basado en patrones. La ontología del proceso parece estar apoyada por la naturaleza dinámica de los organismos: según una perspectiva del proceso pura, los organismos ''son solamente'' un conjunto de procesos interrelacionados y siempre fluctuantes, y las partes y las piezas de los mecanismos que nosotros habitualmente individualizamos dentro de ellos no son más que instanciaciones interrelacionadas de patrones particulares de actividad. No está claro, sin embargo, qué implica la naturaleza del proceso de los organismos para la ontología, y especialmente si una ontología mecanicista (básicamente compuesta de entidades y actividades) está comprometida. Austin (2016), por ejemplo, sugiere que una ontología mecanicista actualizada y más dinámica podrá explicar la transitoriedad y la robustez de los organismos.

A partir de deducciones desde un análisis comprensivo de las investigaciones sobre el cáncer en las pasadas décadas, Bertolaso (2016) hipotetizó que un ente biológico actúa como una “multi-unidad” dinámica más que como partes de un todo en la organización. Para Bertolaso, el mantenimiento y la persistencia de la constitución de un ser vivo requiere dos modos diferentes de causalidad: (1) una dinámica causal de diferenciación (multi-) y (2) una causalidad poseedora del estado (-''unity''). El principio de diferenciación causal se relaciona principalmente con cómo el todo se organiza a través de elementos funcionalmente heterogéneos. En cambio, la causalidad del estado está ligada a la estabilidad dinámica unitaria del todo a diferentes niveles de organización. La unidad es una característica esencial de cualquier sistema biológico, de naturaleza procedual, que se revela a través de la integración de su organización y crecimiento. Como hemos visto, la adaptación de los sistemas biológicos toma selectivamente las señales ambientales. El crecimiento, o historia de vida, intrínsecamente depende de una orientación constitutiva y continua de las partes entre sí y dependientes de las señales del contexto. La asimetría así generada es vital en el sentido de que garantiza un crecimiento adecuado del organismo, como lo demuestran los efectos de los cambios en la forma de las células o tejidos. La constante orientación de los dinamismos biológicos implica una tensión que también toma la forma de fuerzas y restricciones físicas. Es una orientación dinámica tan intrínseca que mantiene la tensión. Esto está de acuerdo con el hecho práctico de que la identificación del sistema (por ejemplo, del organismo) no es obvia, y se subordina a cuestionar qué dinámicas son relevantes en los cambios constitutivos de un sistema biológico, es decir, cómo un sistema constituido puede cambiar y cómo se pueden intercambiar sus partes sin perder su unidad funcional y de comportamiento. De hecho, la unidad de la que estamos hablando es una unidad de acción. Una unidad de acción excede otras categorías que pueden parecer similares, como la unidad de un sistema o la individualidad del organismo en sentido tradicional. A diferencia de estas categorías -enraizadas en un entorno (mereológico) parte-todo- la unidad de acción admite grados. Mientras que las consideraciones partes-todo se focalizan en la caracterización de los sistemas desde el punto de vista de su estructura funcional, la consideración multi-unidad propuesta por Bertolaso se focaliza en cambio en cómo se pueden caracterizar las estructuras y funciones de un sistema desde su dinámica recíproca y regulación causal. Las relaciones partes-todo se explican desde el punto de vista del tipo de regulación que mantienen estas dinámicas. En efecto, la relación parte-todo se podría considerar como una instanciación de la multiplicidad de dimensiones que conlleva la consideración multi-unidad. La biología del cáncer muestra que la estabilidad de los elementos constitutivos depende de la organización y que existe una fuente de regulación en el contexto biológico. Las células cambian su comportamiento dependiendo de su integración funcional en el tejido. La alteración en la comunicación celular modifica la expresión genética, y la pérdida de la integración celular dentro de un tejido funcional conduce a la inestabilidad y apoptosis genética. El colapso de los niveles, que se evidencia en el cáncer, resulta de la pérdida de la integración funcional general de una entidad biológica. Esto significa que una vez constituida la estructura misma determina la relación entre las partes y la estabilidad de las partes mismas (aunque no su supervivencia final). En términos más generales, la relación multi-unidad no se describe adecuadamente mediante una causalidad lineal (incluyendo un control de retroalimentación de ida y vuelta): en cambio, vemos una dependencia sincrónica de la estabilidad de los elementos constitutivos en el mantenimiento de la organización. La definición misma de partes e interacciones depende de las propiedades de la dinámica de multi-unidad. La heterogeneidad de las células tumorales puede estar relacionada con la interrupción de los principios relacionales de integración que mantienen los procesos normales de desarrollo a diferentes escalas de la organización biológica y a la capacidad intrínseca de un sistema orgánico y de sus partes para encontrar nuevos estados funcionales estables.