Como observó Wolfe (2014, 3), la naturaleza desafía la individualidad de los organismos. John Dupré provocativamente argumentó que “existen buenas razones para negar la suposición casi universal de que todas las células en un individuo deben pertenecer a la misma especie” (Dupré 2010, 27). Se refiere al siguiente hecho: “un organismo humano en funcionamiento es un sistema simbiótico que contiene una multitud de células microbianas -bacterias, arqueas y hongos- sin los cuales el conjunto sería seriamente disfuncional y, en última instancia, inviable. La mayoría de estas se encuentran en el abdomen, pero también se hallan en la piel y en todas las cavidades corporales. De hecho, alrededor del 90% de las células que componen el cuerpo humano pertenecen a dichos simbiontes microbianos y debido a su gran diversidad, aportan alrededor del 99 % de los genes en el cuerpo humano”. En otro texto, Dupré ofrece otra afirmación radical sobre la posibilidad de identificar organismos: “la omnipresencia de la simbiosis debe verse como socavando el proyecto de dividir los sistemas vivos inequívocamente en organismos únicos” (Dupré 2012, 8). Existen, a su vez, casos en los que los individuos simbióticos no son lo que Godfrey-Smith recientemente denominó ''individuos darwinianos''. Dado que no forman linajes padre-hijo, como la simbiosis discutida por Godfrey-Smith entre el calamar hawaiano (''Eurprymna scolopes'') y la bacteria ''Vibrio fischeri'', que crecen en colonias en ''criptas'' especializadas dentro del calamar, formando parte del ''órgano liviano'' del calamar. Él sugiere llamarlo ''squibrio'', combinando calamar (squid en inglés) y vibrio (Godfrey-Smith 2009). Como nuevamente observa Wolfe, “las colonias de termitas con sus propiedades homeostáticas, bacterias, arrecifes de coral y ''squibrios'' desafían nuestra intuición monolítica de la individualidad de los organismos” (Wolfe 2014, 159). Dada la insuficiencia de la noción de organismo, nuevos términos fueron acuñados para referir, por ejemplo, a la totalidad de un animal coral, su zooxantela endosimbiótica, y la comunidad asociada de microorganismos que incluye bacterias, archaea, virus, hongos y algas endolíticas. El término ''holobionte'', por ejemplo, captura la compleja simbiosis entre el animal coral, el alga endobiótica y un conjunto de microorganismos (Bourne et al. 2009; Queller y Strassmann 2016).

Los organismos multicelulares son, en ciertos aspectos, entidades colectivas (Bouchar y Huneman 2013). Pero las colonias de determinados organismos evidencian muchas de las propiedades que nosotros usualmente reservamos a organismos individuales. El término ''superorganismo'' se utiliza frecuentemente para describir a una unidad social de animales donde la división del trabajo está altamente especializada y donde los individuos no son capaces de sobrevivir por sí mismos por largos periodos de tiempo (Gardner y Grafen 2009). Las hormigas son el mejor ejemplo de superorganismo, mientras que la rata topo lampiña o rata topo desnuda (''Heterocephalus glaber'') es un famoso ejemplo en lo que respecta a mamíferos. Un superorganismo puede en general definirse como un organismo que está compuesto por muchos organismos. Kelly (1994, 98) define un superorganismo como “un grupo de agentes que pueden actuar conjuntamente para producir fenómenos gobernados por el colectivo”, fenómenos que apuntan a cualquier actividad que “la colmena quiera” como las hormigas cuando colectan comida y evitan el peligro, la evasión de predadores, o las abejas que eligen un nuevo lugar para anidar. Esta visión se relaciona con la teoría de los sistemas y las dinámicas de un sistema complejo. Los superorganismos tienden a exhibir los comportamientos de la homeostasis, de la escala de la ley potencial, del desequilibrio persistente y de los comportamientos emergentes. Ellos exhiben una forma de ''inteligencia distribuida,'' un sistema donde muchos agentes individuales con una inteligencia e información limitadas son capaces de aunar recursos para lograr un objetivo más allá de las capacidades de los individuos. E. O. Wilson (1974, 54) describe el problema postulado por estos fenómenos sociales: “¿Sobre qué bases distinguimos a los miembros de una colonia de invertebrados sustancialmente modificados de los órganos de un animal metazoo?”. En otras palabras, la posible existencia de ''superorganismos'' pone a prueba nuestra más aguda intuición sobre lo que puede computarse y actuar como individuos biológicamente genuinos y cómo deberíamos estudiarlos (Bouchar 2009). Además, el desafío puede proponerse a sí mismo una y otra vez a diferentes escalas, si consideramos que el término ''superorganismo'' fue acuñado en 1789 por James Hutton, el ''Padre de la geología'', para denominar a la Tierra en el contexto de la geofisiología. La hipótesis Gaia de James Lovelock y Lynn Margulis, como así también el trabajo de Hutton, Vladimir Vernadsky y Guy Murchie, han sugerido que la biósfera en sí misma puede considerarse un superorganismo, aunque esto ha sido fuertemente cuestionado (Debernardi y Serrelli 2013; Serrelli 2013).