Como argumenta el ecologista del comportamiento Patrick Bateson, la historia de la vida del organismo es una acumulación de problemas: una vez que el fenotipo está completamente formado, puede ser difícil cambiar a otro fenotipo, incluso si se ha vuelto más beneficioso en las condiciones locales cambiadas. Un cuerpo, una vez construido, es difícil de modificar. Lo mismo puede decirse de los patrones del comportamiento o de los rasgos de personalidad: los adultos tienen tareas importantes que llevar a cabo, como la alimentación y el cuidado de su familia y no pueden disolverse a sí mismos y reconstruir su comportamiento sin que otros los cuiden durante la fase de transición (Bateson 2005, 34). Por el contrario, en el desarrollo encontramos ''períodos sensibles'', es decir, fases del ciclo de vida donde un determinado estímulo del entorno es mucho más efectivo para desencadenar diferentes fenotipos. Uno de los ejemplos más impactantes proviene de los saltamontes, donde cada organismo individual comienza su vida con la capacidad de tomar una de dos rutas de desarrollo completamente distintas -volviéndose negro o verde. Una característica particular del entorno -a saber, la cantidad de luz reflejada por el terreno- determina el camino tomado por el individuo para el resto de su vida. Una vez comprometido, el individuo no puede cambiar a la otra ruta. Una vez negro como adulto, el saltamontes no puede cambiar su color a verde. Esta ''inducción ambiental'' implica una predicción sobre las condiciones del mundo que el individuo habitará posteriormente. El color del saltamontes hace una gran diferencia con respecto al riesgo que correrá de ser visto y comido por un pájaro, y el pastizal chamuscado puede permanecer negro por varios meses luego de un fuego. El organismo individual -no el gen, y mucho menos el ''gen del color''- es el contexto relevante donde se localizan estos mecanismos que son relevantes para la evolución. Y muchos mecanismos también van más allá de los límites físicos del organismo único: en mamíferos, por ejemplo, el menor camino para pronosticar el medioambiente es con frecuencia a través de la madre.

Los organismos modelo siempre fueron una importante práctica científica (Love 2009; Meunier 2012). Solo mencionemos la ''Drosophila melanogaster'', la mosca del vinagre o de la fruta que fue el pilar en el desarrollo de la genética de poblaciones, y cuya importancia se mantiene hoy en evo-devo (Baguñà y Fernandez 2003; Carroll 2008; Nunes et al. 2013). Uno de los movimientos cruciales de Beadle y Tatum (1940), en el curso de sus experimentos conectando la genética con la bioquímica, fue el cambio desde la ''Drosophila'' hacia un organismo modelo más apropiado, el hongo ''Neurospora''; la construcción y explotación de un organismo modelo nuevo se convertiría en un tema recurrente en el desarrollo de la biología molecular. El término ''organismo modelo'', sin embargo, fue introducido sólo a fines de los años 90 y está siendo cada vez más usado. Las listas oficiales de organismos modelos incluyen especies como el ratón, el pez cebra, la mosca de la fruta, el gusano nematodo, el berro. Los ratones y otros animales son extremadamente importantes en la investigación biomédica debido a las posibles extrapolaciones al ''Homo sapiens'' en algunas condiciones (Potrowska 2012). En la filosofía de la biología, hubo interés por comprender qué son los ''organismos modelos'', y en demarcarlos respecto a un conjunto más grande de organismos experimentales. Uno de los aspectos más importantes es el nuevo tipo de comunidades científicas estructuradas que mantienen un organismo modelo estable en el espacio y el tiempo (Ankeny y Leonelli 2011). La comunidad de investigación de un organismo modelo realiza una investigación intensiva con un “fuerte ethos de compartir materiales, técnicas y datos” (317). Aunque inicialmente el organismo puede ser elegido por ventajas experimentales (por ejemplo, ser fácil de reproducir), el establecimiento acumulativo de técnicas, prácticas y los resultados -por ejemplo, a través de bases de datos y centros de almacenamiento- conduce a la estandarización auto-reforzante, comparabilidad y estabilidad: “...cuanto más se estudia el sistema modelo, y mayor es el número de perspectivas desde las cuales se lo comprende, más se erige como sistema modelo” (Creager et al. 2007, 6). De igual manera, Ankeny y Leonelly definen los organismos modelo como “especies no-humanas que son extensivamente estudiadas para entender un rango de fenómenos biológicos, con la esperanza de que los datos y las teorías que se generen a través de ese modelo serán aplicables a otros organismos, particularmente a aquellos que son de alguna manera más complejos que el modelo original” (313). La importancia de los organismos mostrada por este tipo de investigaciones se deriva de la base de conocimiento estrechamente interconectada y epistemológicamente ''local'', justificada por las posibles generalizaciones que pueden surgir a partir desde este trabajo con el tiempo.