La literatura reciente en biología y filosofía ha evidenciado un fuerte y creciente movimiento para el ''regreso del organismo''. Gran parte de esta urgencia proviene del área de la biología evolutiva, con un foco especial en el desarrollo del organismo. Al criticar al neo-darwinismo con diversos argumentos, los evolucionistas proponen una reconsideración del desarrollo del organismo como ambos ''explanans'' y ''explanandum ''en la teoría evolutiva (Nicholson 2014b). La agencia y el comportamiento del organismo son otros aspectos que, según diferentes pensadores, deberían tenerse en cuenta en una adecuada consideración evolutiva. También encontramos otros campos de investigación que exponen la importancia de tomar en consideración al organismo en la práctica científica. Las formas de realizar investigación científica centrada en el organismo, así como la práctica creciente de la utilización de organismos modelo, se están volviendo cada vez más institucionalizadas y complejas. En formas tradicionales de investigación tales como la genética molecular, encontramos una centralidad cada vez más patente del organismo. Finalmente, enfermedades complejas como el cáncer están desafiando los enfoques centrados en los genes y en las células, exigiendo perspectivas centradas en el organismo. Nuevas prácticas experimentales, llamadas ''órganos en chips'' (‘''on chip’'') tratan de imitar más dimensiones del entorno intra-organismo, destacando la importancia de las interacciones espaciales y biofísicas. Los órganos en chip son culturas de micro ingeniería de células en tres dimensiones (3D). Sus infraestructuras microscópica y microfluídica imitan la arquitectura en 3D de los órganos y tejidos, y las fuerzas mecánicas aplicadas en estas microestructuras generan “un flujo constante de datos fisiológicos” (Bhatia y Ingber 2014). Con respecto a las culturas tradicionales en dos dimensiones (2D), varios autores (Pampaloni et al. 2007, De Ninno et al. 2010) han subrayado la importancia de modelar el microambiente con una resolución a nivel celular. Se pasa desde una macro escala a una micro escala, yendo de conjuntos que pueden ser evaluados sobre la media de varemos fisiológicos a una manipulación de la célula y a un control de los factores micro ambientales. Al mismo tiempo, el éxito de estos modelos experimentales, enseña la importancia fundamental que tienen los tejidos de los órganos y, en última instancia, la importancia del organismo para definir y mantener la identidad de las células y de los patrones de expresión génica.

Señalan que “negar la consistencia interna y el poder explicativo de <nowiki>[el programa de investigación desarrollado a partir de la genética de poblaciones]</nowiki> sería obviamente descabellado <nowiki>[...].</nowiki> La objeción es que puede (y debe) haber más biología evolutiva que un programa de investigación restringido a los conceptos y herramientas de la genética de las poblaciones” (Minelli 2010, 216). Algunos científicos y filósofos se focalizan en un polémico objetivo más amplio: la Síntesis Moderna, es decir, los fundamentos de la biología evolutiva como se la practica hoy, formulada entre las décadas de 1910 y 1940. Los críticos analizan de qué manera la Síntesis Moderna excluyó líneas de investigación como ilegítimas o irrelevantes respecto a la evolución, mientras amalgamaba con éxito la teoría de la selección natural de Darwin, la teoría de la herencia de Mendel, los modelos matemáticos de genética de poblaciones y el trabajo en diversos campos en biología. Así, algunos filósofos y científicos proponen la idea de una Síntesis Evolutiva Extendida (SEE o ESS en sus siglas en inglés) (Pigliucci y Mueller 2010). Es interesante notar que la EES se encuentra muy bien centrada en el organismo: se focaliza en fenómenos como la ''evolutividad'', dependiendo de la modularidad y robustez de los sistemas desarrollados; la'' plasticidad fenotípica'' y la posibilidad de modos de evolución como la acomodación genética; la ''epigenética y herencia múltiple'', la teoría de la complejidad, que revela principios de organización diferentes a los de la selección natural (Pigliucci 2007) con diferentes enfoques (Vanspeybroeck 2000). La SEE se concentra en el origen de la organización fenotípica (i.e., ''the observable developing body, physiology and behavior of organisms''), extendiéndose más allá de la genética y la regulación de los genes para incluir “la dinámica de las interacciones epigenéticas, las propiedades químico-físicas de las células en crecimiento y las masas de tejido, y las influencias de parámetros ambientales” (Müller 2007, 944).