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La relevancia explicativa de los organismos en la evolución va aún más allá del rol del desarrollo del organismo. El pensamiento moderno sobre la importancia de la plasticidad del comportamiento en la evolución se remonta al siglo XVIII. Por lo general se piensa que proviene de Baldwin (cf. el efecto Baldwin), pero, por un lado, Morgan y Osborn desarrollaron estas ideas de forma independiente y, por otro lado, Spalding ya las había traído a colación más de veinte años antes que Baldwin (Bateson 2005). Así, se va acumulando evidencia de que el comportamiento del organismo puede ser un disparador de la evolución (Meyer 2004; Crispo 2007; West-Eberhard 2008; West Eberhard 2005; Walsh 2015). Los organismos -especialmente los animales- hacen elecciones activas cuyos resultados tienen consecuencias para la evolución posterior. Por su comportamiento, los animales cambian las condiciones físicas o sociales con las que ellos y sus descendientes tienen que lidiar, afectando por ende el curso posterior de la evolución. Los animales son capaces de modificar su comportamiento como respuesta a condiciones que han cambiado; esto permite el cambio evolutivo que, de otro modo, probablemente se habría evitado por la muerte de los animales expuestos a esas condiciones. Finalmente, por su comportamiento, los animales se exponen con frecuencia a nuevas condiciones que pueden revelar variabilidad hereditaria y abren posibilidades para cambios evolutivos que no hubieran sido posibles de otro modo. En general, las modificaciones plásticas dentro de los individuos podrían conducir el proceso y un cambio en los genes, influyendo así en el carácter correspondiente: “uno prepara el camino para el otro” (Bateson 2005, 35). Pero ¿el comportamiento del organismo debe ser considerado como una simple expresión modular del genoma del organismo? A medida que crece la comprensión neural, la importancia y la autonomía del nivel de comportamiento se ve fortalecida: los estudios reduccionistas de los módulos y mecanismos deben ser reensamblados, y hay un necesario “flujo de retorno de ideas necesario desde los más bajos hasta los más altos niveles de análisis” (Bateson 2005, 33).
Los organismos modelo siempre fueron una importante práctica científica (Love 2009; Meunier 2012). Solo mencionemos la ''Drosophila melanogaster'', la mosca del vinagre o de la fruta que fue el pilar en el desarrollo de la genética de poblaciones, y cuya importancia se mantiene hoy en evo-devo (Baguñà y Fernandez 2003; Carroll 2008; Nunes et al. 2013). Uno de los movimientos cruciales de Beadle y Tatum (1940), en el curso de sus experimentos conectando la genética con la bioquímica, fue el cambio desde la ''Drosophila'' hacia un organismo modelo más apropiado, el hongo ''Neurospora''; la construcción y explotación de un organismo modelo nuevo se convertiría en un tema recurrente en el desarrollo de la biología molecular. El término ''organismo modelo'', sin embargo, fue introducido sólo a fines de los años 90 y está siendo cada vez más usado. Las listas oficiales de organismos modelos incluyen especies como el ratón, el pez cebra, la mosca de la fruta, el gusano nematodo, el berro. Los ratones y otros animales son extremadamente importantes en la investigación biomédica debido a las posibles extrapolaciones al ''Homo sapiens'' en algunas condiciones (Potrowska 2012). En la filosofía de la biología, hubo interés por comprender qué son los ''organismos modelos'', y en demarcarlos respecto a un conjunto más grande de organismos experimentales. Uno de los aspectos más importantes es el nuevo tipo de comunidades científicas estructuradas que mantienen un organismo modelo estable en el espacio y el tiempo (Ankeny y Leonelli 2011). La comunidad de investigación de un organismo modelo realiza una investigación intensiva con un “fuerte ethos de compartir materiales, técnicas y datos” (317). Aunque inicialmente el organismo puede ser elegido por ventajas experimentales (por ejemplo, ser fácil de reproducir), el establecimiento acumulativo de técnicas, prácticas y los resultados -por ejemplo, a través de bases de datos y centros de almacenamiento- conduce a la estandarización auto-reforzante, comparabilidad y estabilidad: “...cuanto más se estudia el sistema modelo, y mayor es el número de perspectivas desde las cuales se lo comprende, más se erige como sistema modelo” (Creager et al. 2007, 6). De igual manera, Ankeny y Leonelly definen los organismos modelo como “especies no-humanas que son extensivamente estudiadas para entender un rango de fenómenos biológicos, con la esperanza de que los datos y las teorías que se generen a través de ese modelo serán aplicables a otros organismos, particularmente a aquellos que son de alguna manera más complejos que el modelo original” (313). La importancia de los organismos mostrada por este tipo de investigaciones se deriva de la base de conocimiento estrechamente interconectada y epistemológicamente ''local'', justificada por las posibles generalizaciones que pueden surgir a partir desde de este trabajo con el tiempo.
Griesemer (2007) sugiere una revisión de las narrativas convencionales que describen la evo-devo como una ''unión'' entre la genética y el desarrollo, cuyo estudio fue supuestamente abandonado desde los años 30 (Gilbert et al. 1996). Para Griesemer, esta separación entre campos es artifactual: la embriología y la genética han sido siempre “como los segmentos de un centípedo: se mueven juntos con autonomía limitada” (376). Griesemer construye la idea de que la genética y la embriología son nada más que estilos de investigación. En este sentido, la separación entre genes y desarrollo deja de ser considerada como una división ontológica: “No se sigue de la divergencia de estilos de investigación y prácticas representacionales en genética y embriología que la naturaleza está dividida en procesos separados de herencia y desarrollo” (414). Griesemer analiza los experimentos de Mendel, y describe a Mendel -universalmente considerado como el padre fundador de la genética- como un desarrollista. Las diferentes y sucesivas notas que aparecen en los escritos de Mendel son representaciones secuencialmente ideadas por Mendel para seguir lo que le interesaba, es decir, el proceso de desarrollo de los híbridos. Por lo tanto, desde esta óptica, Mendel fue un desarrollista que ofreció representaciones duraderas que, a su vez, ayudaron a algunos de sus seguidores a centrarse en los patrones de trasmisión intergeneracional, antecedesntes del desarrollo. La consolidación de estilos de investigación ocultó directamente su unidad: “las teorías de la herencia implican metodologías de desarrollo, y viceversa” (414); “la genética trae aparejada un relato idealizado y abstracto del desarrollo y el desarrollo conlleva un recuento idealizado y abstracto de la herencia” (417); y “la teoría de los genes no sólo tenía un origen embriológico, sino que nunca realmente dejó la embriología” (414). Por lo tanto, el progreso lineal sugerido desde la embriología a la genética hasta la evo-devo sería una construcción histórica: no existe una “progresión histórica de campos o líneas de trabajo que adopten a su vez el centro de la atención científica” (417).