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Algunos autores consideran el organicismo como una perspectiva, más que una teoría. Para Joseph Needham, por ejemplo, “todas las cosas son organismos y todas las cosas son también sistemas atómicos. Usted elige su punto de vista” (Needham 1930, 84-86). Ludwig von Bertalanffy (1934) invoca el holismo como un punto de vista sistémico total sin referencia a ningún estatus especial de las entidades vivientes. En el mismo texto incluso también sostiene que esta postura echa una particular luz sobre la embriología y sobre cómo los organismos ''no son'' meras máquinas, particularmente debido a su carácter teleológico e ''histórico''.
Otros organicistas -en palabras de D’Arcy Thompson- se contentan con postular ''algo'' que “interfiere y guía las reacciones físicas y químicas” (D’Arcy Thompson 1918, cit. en Wolfe, 154). El trabajo de Kurt Goldstein (1934) fue uno de los estudios más influyentes sobre las capacidades ''holísticas'' de los organismos. En el curso del tratamiento realizado a soldados con daño cerebral durante la Primera Guerra Mundial, Goldstein observó que el organismo se reajusta a sí mismo para enfrentar los daños devastadores mediante una redistribución adecuada de su reducida energía, replegándose a rangos de actividad más limitados que podía manejar. Cuando son confrontados con la enfermedad o con las heridas, los organismos tienen una flexibilidad inherente para reconocer sus partes hasta un grado considerable, para recobrar la funcionalidad de sus funciones vitales. Para Goldstein, esta característica de los organismos refuta sobre bases empíricas la suposición de que las partes determinan el conjunto. Por el contrario, ésta sugiere un enfoque constructivista, enfatizando el carácter inherentemente construido de los organismos y su actividad dinámica en el mundo. La garrapata de Von Uexküll (1940) es otro caso empírico que busca justificar una teoría holística del organismo, según la cual cada organismo vive en un ''Umwelt ''(mundo circundante)'' ''dinámicamente constituido que es único a ese organismo: las garrapatas perciben solamente lo que es relevante para ellas. Lo mismo sucede con los perros y los caballitos de mar. Para esta perspectiva, los organismos son ''unidades cerradas'', como lo son sus ''Umwelten ''(mundo circundantemundos circundantes): “Cada entorno forma una unidad autolimitada, que rige en todas sus partes por su significado para el sujeto” (cit. en Wolfe 2014). El énfasis organicista adicional de Von Uexküll es que deberíamos entender la garrapata, como cualquier otro organismo, como un ''sujeto'' y no como una ''máquina''.
El organismo puede ser también objeto de inversiones teóricas cuasi-afectivas que lo presentan como algo esencial, incluso como el eje de una ciencia o un enfoque particular de la naturaleza. Con frecuencia, este tipo de reacciones anti reduccionistas señalan la amenaza ontológica a los organismos en términos negativos, como una pérdida de significado, una deshumanización, una distorsión tecnocrática de la vida (Rehmannsutter 2000; Wolfe 2014). Algunos organicistas parecen dejar el campo de las ciencias biológicas por la metafísica. Éste fue el caso de Hans Driesch a principios del siglo veinte. Comenzando con una reflexión sobre la equipotencialidad de los huevos de los erizos de mar, Driesch pasó a teorizar las ''entelequias'' que, en su opinión, explican estas propiedades, llegando a una posición que suele denominarse ''neovitalismo''. Raymond Ruyer, un prominente pensador francés de la posguerra cercano a la tradición de una biofilosofía fundamentalmente romántica alemana, defendió un explícito concepto anti-naturalista de organismo: insistió en la no-espacialidad del organismo, su pura potencialidad, sobre y contra el destino reduccionista que él temía que la ciencia moderna traería consigo, de un universo compuesto de materia inanimada, con choques y desplazamientos exhaustivamente explicados por las leyes de la mecánica.
La inmensa escala de tiempo de evolución ha estimulado largamente una reflexión sobre el rol de los organismos y de las ''unidades reales'' de la evolución, conduciendo -en lo que respecta a la biología evolutiva- a un “eclipse del organismo” (Nicholson 2014b; Walsh 2015). David Hull y Richard Dawkins, por ejemplo, introducen de modo independiente la distinción original entre ''replicador'' e ''interactor'' o ''vehículo''. Un replicador es cualquier cosa que transmite su estructura en su mayor parte intacta, mientras que un interactor es una unidad cohesiva -como un organismo- cuya acción en el entorno hace una diferencia en la replicación de los replicadores que lleva. Richard Dawkins (1976), interpretando el trabajo de William Hamilton y George C. Williams (1966), desarrolló su famosa teoría del punto de vista del gen (''gene’s eye view''), una visión general de la evolución donde se considera que la selección a largo plazo opera principalmente sobre los genes, y los organismos son vistos como sus vehículos.
La selección de parentesco (Maynard-Smith 1964) se basa en la herencia compartida entre parientes: es esperable que los rasgos del “donante social” se difundan en la población si aumentan la idoneidad de los parientes cercanos del donante, quienes probablemente son portadores de los mismos rasgos. La aptitud inclusiva (Hamilton 1963; Hamilton 1964) es la aptitud de un rasgo derivado de la supervivencia y reproducción del portador, sumado a la supervivencia y a la reproducción de sus parientes (proporcionalmente a la cantidad genética compartida). La metáfora del ''gen egoísta'' de Dawkins, basada en estos hallazgos matemáticos, fue recibida por muchos biólogos como una herramienta clarificadora en su trabajo diario. Algunos filósofos de la biología se involucraron en esta metáfora, ya sea para desarrollarla (<nowiki>v.gr</nowiki>. Dennett 1995) o, en su mayoría, para criticarla (<nowiki>v.gr</nowiki>. Oyama 1998). Pero el trabajo de Dawkins (y el de Hull) introdujeron de un modo irreversible la idea de que el organismo, debido a su fugacidad evolutiva, podría ser una unidad engañosa de selección y evolución (Dawkins 1982; Turner 2004). La pregunta interesante en términos evolutivos continúa siendo el origen de la complejidad del organismo (Michod 1999; Mc Shea McShea 2000; Lynch 2007).
El énfasis en la herencia genética y en la ''transmisión vertical'' (padre a hijo) encontró serios desafíos en los últimos años, cuando varios filósofos se interesaron en la evidencia de una variedad de mecanismos de intercambio genético presentes en hongos, plantas y animales, no sólo en los procariotas (organismos unicelulares conocidos desde hace mucho tiempo por su amplia capacidad de transformación, conjugación y adquisición de ADN por transducción). Siguiendo a algunos biólogos como W. Ford Doolittle, los filósofos comenzaron a cuestionar varias suposiciones indiscutidas de la biología, tales como el árbol genealógico. Para O’Malley (O’Malley 2010), hoy en día, la idea de un árbol genealógico universal ha llegado a ser una opción inaceptable dada la abundancia de reticulación y transferencia lateral de genes (LGT, por su sigla en inglés) en toda clase de organismos, incluyendo animales. O’Malley propuso renunciar a la idea de “una filosofía de la evolución centrada en los animales. Sus principios básicos son que el concepto biológico de especies (BSC, por su sigla en inglés) es ''universal'' a organismos formadores de especies, que las líneas de bifurcación de la descendencia es lo único relevante en la reconstrucción de nuestros ancestros, y que el resto de la vida (no-animal) es más simple, menos diversa y menos ''verdadera'' evolutivamente. Las consecuencias de <nowiki>[tal]</nowiki> filosofía evolutiva centrada en los animales son que puede incluir en el mejor de los casos una historia severamente truncada de eventos evolutivos” (O’Malley 2010, 544).
Por otra parte, algunas áreas de investigación han reconocido criterios de la individualidad biológica en entidades más inclusivas (colonias, superorganismos) disipando la concreta especificidad ontológica intuitiva del organismo. Al mismo tiempo, influyentes publicaciones han criticado una filosofía de la biología centrada en el animal, señalando que la mayoría de las nociones biológicas -incluyendo la de organismo- realmente están moldeadas a partir de los animales, los seres vivientes más atractivos y más similares a nosotros, pero que su preeminencia no es justificable: los microbios no se ajustan a muchas ideas desarrolladas para los animales, y aun así dominan el mundo vivo, de manera que necesitamos actualizar nuestra filosofía de la biología.
Como observó Wolfe (2014, 3), la naturaleza desafía la individualidad de los organismos. John Dupré provocativamente argumentó que “existen buenas razones para negar la suposición casi universal de que todas las células en un individuo deben pertenecer a la misma especie” (Dupré 2010, 27). Se refiere al siguiente hecho: “un organismo humano en funcionamiento es un sistema simbiótico que contiene una multitud de células microbianas -bacterias, arqueas y hongos- sin los cuales el conjunto sería seriamente disfuncional y, en última instancia, inviable. La mayoría de estas se encuentran en el abdomen, pero también se hallan en la piel y en todas las cavidades corporales. De hecho, alrededor del 90% de las células que componen el cuerpo humano pertenecen a dichos simbiontes microbianos y debido a su gran diversidad, aportan alrededor del 99 % de los genes en el cuerpo humano”. En otro texto, Dupré ofrece otra afirmación radical sobre la posibilidad de identificar organismos: “la omnipresencia de la simbiosis debe verse como socavando el proyecto de dividir los sistemas vivos inequívocamente en organismos únicos” (Dupré 2012, 8). Existen, a su vez, casos en los que los individuos simbióticos no son lo que Godfrey-Smith recientemente denominó ''individuos darwinianos''. Dado que no forman linajes padre-hijo, como la simbiosis discutida por Godfrey - Smith entre el calamar hawaiano (''Eurprymna scolopes'') y la bacteria ''Vibrio fischeri'', que crecen en colonias en ''criptas'' especializadas dentro del calamar, formando parte del ''órgano liviano'' del calamar. Él sugiere llamarlo ''squibrio'', combinando calamar (squid en inglés) y vibrio (Godfrey - Smith 2009). Como nuevamente observa Wolfe, “las colonias de termitas con sus propiedades homeostáticas, bacterias, arrecifes de coral y ''squibrios'' desafían nuestra intuición monolítica de la individualidad de los organismos” (Wolfe 2014, p.159). Dada la insuficiencia de la noción de organismo, nuevos términos fueron acuñados para referir, por ejemplo, a la totalidad de un animal coral, su zooxantela endosimbiótica, y la comunidad asociada de microorganismos que incluye bacterias, archaea, virus, hongos y algas endolíticas. El término ''holobionte'', por ejemplo, captura la compleja simbiosis entre el animal coral, el alga endobiótica y un conjunto de microorganismos (Bourne et al. 2009; Queller y Strassmann 2016).
La idea intuitiva de organismo suele ser cuestionada con frecuencia por observaciones sencillas o ejemplos de la naturaleza (Ramellini 2009, Wilson 1999). Tomemos como ejemplo la siguiente observación: por un lado, las partes de un organismo son capaces de actuar sobre otras partes en beneficio del organismo, y normalmente lo hacen así y, por otro lado, cualquier parte es capaz de ayudar otras partes a realizar ciertas tareas, lo que normalmente sucede. ¿Cómo entonces deberíamos considerar las partes patológicas? ¿No son en realidad parte del organismo? Esta cuestión se vuelve particularmente relevante en el cáncer. Otra perspectiva considera el ''destino común'' de todas las partes de un organismo. Aquí podemos citar la distinción germen-soma, siendo el destino del primero potencialmente intergeneracional o, en el contexto del organismo, particularmente efímero. Uno de los organismos más paradójicos para el problema de la individualidad es el moho mucilaginoso celular'' Dictyostelium'' (Bonner 2009; Folse y Roughgarden 2010). Este moho comienza su vida como una ameba unicelular libre que vive en el suelo y se reproduce asexualmente por división celular. Cuando escasea la comida, estas amebas se unen para formar un organismo multicelular similar a la babosa que está compuesto por entre cien mil y un millón de amebas envueltas en una vaina de limo. La babosa, morfológicamente indiferenciada, aun así, despliega un impactante comportamiento emergente que incluye la habilidad de moverse mucho más rápidamente que la ameba individual y a atravesar superficies heterogéneas que resultaría una tarea imposible para una sola ameba, y también incluye la habilidad de orientar sus movimientos a gradientes de luz, oxígeno, amoníaco y calor. La babosa también muestra división de tareas entre las funciones somáticas y reproductivas que se evidencia cuando la babosa llega a la superficie, donde libera esporas. La compleja biología de la babosa la torna pasible de ser utilizada para identificar organismos individuales, ejerciendo presión sobre el concepto.
